طرح­ های پژوهشی بر اساس رسالت، مأموریت ­ها، سیاست ها و نیازهای کاربردی دانشگاه و یا به سفارش سازمان ­های خارج از دانشگاه (طرح­ های کارفرمایی) توسط اعضای هیات علمی و مدرسان تمام وقت در سازمان مرکزی، مدیریت استانی و یا در یکی از پردیس ­های دانشگاه و واحدهای تابعه اجرا می‌شود و مدیریت کلیه مراحل مانند نیازسنجی و تعیین اولویت­ ها و موضوعات پژوهشی، ارائه فراخوان، ارائه پیشنهاده، بررسی و تصویب پیشنهاده، تامین اعتبار و عقد قرارداد، نظارت بر اجرا و پرداخت حق­ التحقیق در سطح ملی توسط دفتر برنامه ریزی و امور پژوهشی دانشگاه و در سطح استان ها توسط مدیریت امور پردیس­ های استانی صورت می ­پذیرد.